Омский онкологический диспансер сегодня расположен на северо-восточной окраине Омска. Однако начиналась его история в самом центре, впервые онкологические больные располагались в городской больнице №1, на улице Орджоникидзе, в здании, где сейчас помещаются органы юстиции. Затем несколько койко-мест для оперированных больных размещались на улице Музейной, в самом сердце города.
Первое отдельное здание онкодиспансера было по улице Красногвардейской. В двухэтажном особняке размещались поликлиника и стационар на 50 человек. Здесь работали выдающиеся онкологи, которые воспитали не одно поколение врачей.
В 1954 году происходит разделение, и областной диспансер переезжает в здание по улице Гагарина, сегодня в нем находится госпиталь для ветеранов войны. В 1963 году городской диспансер получает новое специально для него построенное четырехэтажное здание на улице Учебной.
В 1988 году областной и городской диспансеры снова объединяются. В новое здание на окраине Амурского поселка, которое и сегодня является главным корпусом Омского онкологического диспансера, переезжает поликлиника и большая часть отделений.