Церковь Ильи Пророка — это четырёхстолпный многообъёмный храм с самостоятельными шатровым и купольным приделами и шатровой колокольней, объединенными галереей. Он стоит на высоком подклете. Главы имеют зеленый цвет и увенчаны золотыми крестами, из которых особенно выделяется крест центральной главы. Вместе с нарядным подзором из позолоченного железа, идущим по всему карнизу, этот крест — выдающееся произведение ярославских ковалей XVII века. Храм весь обстроен галереями и приделами. Особенно интересная галерея, соединяющая колокольню от придела Положения риз и включающая в себя западное крыло, сейчас — единственный вход в здание. Главки колокольни и приделов покрыты черепицей, изготовленной по старинным образцам и рецептам в мастерской ярославского керамиста—реставратора А. А. Егорова.
Обратимся к истории храма. Он был выстроен в 1650 году. Финансировали строительство купцы братья Скрипины. К сожалению, имена строителей сейчас неизвестны. По окончании строительства патриарх Иосиф одарил Скрипиных частицей ризы Христа, в честь чего был сооружен Ризоположенский придел. Первоначально храм стоял на подворье Скрипиных, рядом с их жилыми и хозяйственными постройками. Впоследствии вокруг нее была создана Советская площадь.
Храм имел нелегкую судьбу. В 1920 году здание передали Ярославскому музею-заповеднику. В 1930-х годах работникам музея еле удалось уберечь его от сноса. В 1938-41 гг. в церкви, куда перенесли мощи ярославских чудотворцев, Союз воинствующих безбожников устроил антирелигиозный музей; под куполом был подвешен маятник Фуко.
В 1989 г. главный престол церкви Ильи Пророка был вновь освящён и с тех пор в летнее время в храме проводятся церковные службы. Музей открыт для посещения с мая по октябрь.
