История Омской таможни началась с появления в 1753 году на левом берегу Иртыша, там, где сегодня находится Ленинградский мост, заставы, которая брала пошлину с товаров. В те времена она еще входила в состав Петропавловской таможни.
В 1830 году указом императора Николая I была создана Омская таможенная застава, которая имело право пропускать только беспошлинные заграничные товары и муку. В 1839 году император издает указ о создании в Омске вместо таможенной заставы таможни третьего класса с правом брать пошлину на все незапрещенные товары. Было создано 20 таможенных постов, которые взимали пошлину за разрешенные товары. Запрещен был провоз химических материалов и машин.
Во второй половине 19 века, когда русские активно осваивали Северный Казахстан, необходимость в Омской таможне отпала. В 1865 году она была упразднена. Возрождение Омской таможни произошло в мае 1990 года, когда был создан Омский таможенный пост, а впоследствии и Омская таможня.
Сегодня шесть таможенных постов проверяют законность прохождения грузов на 1019 километрах Российско-Казахстанской границы. Омская таможня входит в состав Западно-Сибирского таможенного управления в городе Новосибирске.
